En 2009, Zeebrugge a traité plus de 2.3 millions de TEU soit un total de 44.9 millions de tonnes de fret , selon une répartition modale de 66 % par la route, 8 % par les voies maritime, 2 % par les voies fluviales, 7 % par les oléoducs et 17 % par les voies ferroviaires.

Les conteneurs sont transportés de et vers Zeebrugge par le rail, la route, par porte-conteneurs ou par les voies fluviales.